1、果实来源区别
香榧子又称香榧、赤果、玉山果、玉榧、野极子等，是一种红豆杉科植物的种子；而巴旦木又叫巴旦姆、巴达木、扁桃，是蔷薇科李亚科桃属乔木的种子，是扁桃的内核。
2、外观口感区别
香榧子果实形似橄榄、壳薄、种仁黄白色，炒熟嚼食，味道甘甜香酥，十分好吃。
巴旦木俗称薄壳杏仁，含油、含糖量均高，味更为香甜，果仁奇香，好吃程度超过核桃和榛子。
3、营养功效区别
香榧子含有蛋白质、脂肪、碳水化合物、粗纤维、钙、磷、铁等营养物质，食用具有止咳润肺、消除疳积、驱虫滑肠等功效。
巴旦木富含蛋白质、膳食纤维、脂肪、维他命E、油酸、亚油酸、镁等营养成分，食用具有补脑安神、益肾生精、润肠通便、宣肺、生辉、明目、健胃的药用功能。
4、价格区别
香榧子由于种植面积和收获难度较大，市面上供应量少，价格偏贵，每一斤售价在150元/斤-200元/斤之间；而巴旦木产量较大，价格相对较为便宜，均价为30元左右一斤。