花甲肉里面黄黄的是屎吗？

有可能。

花甲肉中含有的黄黄的东西，其有可能是花甲的排泄物，但是也有可能是其身体组织或者是食物残渣、性腺分泌物等。

但是其一般也是可以食用的，只是可能口感和味道会不怎么好，可以根据自己的喜好来决定吃还是不吃。