船东单是以船公司为抬头的，货代单是以货代名称为抬头的。
适用范围不同。
船东单可用于货品，货代单只能给客户签发货代或电放。
签发的主体不同。
船东单是船公司签发的提单，而货代单是货代基于船东单出的提单，由货代公司签发，签发货代单的主体最少要在目的港有代理。
费用不同。
船东单目的港提货一般不会发生什么费用，货代单提货一定会收取目的港客户的换单费，也有可能由发货人付出给货代，货代然后和代理结算。
目的港收货方法不同。
船东单可以直接向船公司提货，货代单提货时必需先在目的港向货代的代理换取船公司提单。
然后再凭着船公司提单去提货，俗称换单。
或由目的港客户凭货代单直接找货代的代理提货。