农药残留
有机食品确实不能使用人工合成农药，但可以使用有机农药，如杀菌剂、天然除虫菌素等。它们同样具有毒性，也并非完全不残留，如果不清洗干净就吃下去，对身体同样可能有安全风险。
有天然毒素风险
一些植物性食物，为了预防虫害，会产生天然的毒素；而且，有机食品也有被霉菌毒素污染的风险，如花生发霉可能有黄曲霉毒素的风险；谷物可能有真菌毒素的风险；玉米可能有伏马菌素的风险。
有机化肥污染
有机食品使用植物性堆肥或是动物排泄物代替化学合成肥料，而动物排泄物中往往都含有病菌和重金属，用这些肥料种植蔬菜，可能会沾染上大肠杆菌、沙门氏菌等，从而引发食用者的感染甚至死亡。